Biopython是主要用于生物信息学领域的开源python工具。 本教程介绍了Biopython软件包的基础知识，生物信息学概述，序列操作和绘图，种群遗传学，聚类分析，基因组分析，与BioSQL数据库的连接，最后总结了一些应用示例。

面向读者

本教程是为有志于使用python作为编程工具的生物信息学编程领域的专业人士而准备的。本教程旨在使您熟悉Biopython概念及其各种功能。

前提条件

在继续本教程中给出的各种类型的概念之前，假定读者已经了解生物信息学。 除此之外，如果读者对Python编程有一定的了解，这将非常有助于学习本教程。

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编号	主题	描述
1	Biopython简介	Biopython是Python的最大，最受欢迎的生物信息学软件包。它包含许多用于常规生物信息学任务的不同子模块。
2	Biopython安装	介绍如何在计算机上安装Biopython。 它非常容易安装，不超过五分钟就可以安装完成。
3	Biopython简单应用程序	演示如何创建一个简单的Biopython应用程序来解析生物信息学文件并打印内容。
4	Biopython序列	Biopython序列是指一系列字母，用于表示生物体的蛋白质，DNA或RNA。
5	Biopython高级序列操作	在本章中将讨论Biopython提供的一些高级序列功能。
6	Biopython序列I/O操作	Biopython提供了一个模块Bio.SeqIO来分别从文件读取序列和向文件写入序列(任何流)。
7	Biopython序列比对	序列比对是按特定顺序排列两个或多个序列（DNA，RNA或蛋白质序列）以识别它们之间相似区域的过程。
8	Biopython BLAST简介	BLAST代表基本本地路线搜索工具(Basic Local Alignment Search Tool)，它用于找出生物学序列之间的相似区域。
9	Biopython Entrez数据库	Entrez是NCBI提供的在线搜索系统。 通过集成的全局查询，它支持布尔运算符和字段搜索，从而可以访问几乎所有已知的分子生物学数据库。
10	Biopython PDB模块	介绍如何使用Bio.PDB模块来操纵多肽结构。 PDB(蛋白质数据库)包括蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA复合物。
11	Biopython Motif对象	序列基序是由可能不相邻的氨基酸的三维排列形成的，Biopython提供了一个单独的模块Bio.motifs来访问序列基序的功能。
12	Biopython BioSQL模块	BioSQL是一种通用数据库模式，主要用于存储所有RDBMS引擎的序列及其相关数据。
13	Biopython人口遗传学	种群遗传学在进化论中起着重要作用，它分析物种之间以及同一物种内两个或多个个体之间的遗传差异。
14	Biopython基因组分析	基因组是完整的DNA集合，包括其所有基因。 基因组分析是指研究单个基因及其在遗传中的作用。
15	Biopython表型微阵列	表型定义为生物体针对特定化学物质或环境表现出的可观察的特征或性状。Biopython提供了一个模块Bio.Phenotype来分析表型数据。
16	Biopython绘图	演示如何绘制序列，Matplotlib是一个Python绘图库，可产生多种格式的高质量图形。pyLab属于matplotlib的模块，它将数字模块numpy与图形绘制模块pyplot结合在一起。
17	Biopython聚类分析	聚类分析会将一组对象归为同一组。这个概念主要用于数据挖掘，统计数据分析，机器学习，模式识别，图像分析，生物信息学等。
18	Biopython机器学习	Biopython提供了一组有用的算法来进行有监督的机器学习。如果使用适当的机器学习算法，可以从这些数据中提取很多有用的信息。
19	Biopython测试技术	Biopython具有广泛的测试脚本，可以在不同条件下对软件进行测试，以确保软件没有错误。

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